Vì người Moghul là dân du mục của thảo nguyên, nên ranh giới lãnh thổ của họ hiếm khi giữ nguyên như vậy. Tuy nhiên, Moghulistan theo nghĩa chặt chẽ nhất tập trung ở vùng Ili. Nó được giới hạn ở phía tây của tỉnh Shash và dãy núi Karatau, trong khi khu vực phía nam của hồ Balkhash đánh dấu giới hạn phía bắc của ảnh hưởng của Moghul. Từ đó, biên giới dần dần dốc theo hướng đông nam cho đến khi đến phần phía đông của dãy núi Thiên Sơn. Thiên Sơn sau đó có ý nghĩa như là biên giới phía nam của Moghulistan. Bên cạnh Moghulistan người Moghul còn kiểm soát Bắc Giang hiện đại (phía bắc Tân Cương, bao gồm cả Turpan) và Nam Giang (phía nam Tân Cương, bao gồm cả lưu vực Tarim). Ngoài Moghulistan, Nam Giang và Bắc Giang, một số khu vực khác cũng tạm thời chịu sự cai trị của người Moghul lúc này hay lúc khác, chẳng hạn như Tashkent, Ferghana và một phần của Badakhshan. Moghulistan chủ yếu là đất nước thảo nguyên và là nơi mà người Moghul thường cư trú. Vì bản chất du mục của người Moghul, các thị trấn của Moghulistan đã rơi vào tình trạng suy tàn trong thời kỳ cai trị của họ, nếu họ vẫn cố gắng duy trì sự chiếm đóng.

Ngoài các thị trấn nằm dưới chân núi, gần như toàn bộ Nam Giang là sa mạc. Kết quả là, người Moghul thường đứng ngoài khu vực và đó là một nguồn nhân lực kém. Những người thừa kế Dughlat hoặc các nhà lãnh đạo từ trật tự Hồi giáo Naqshbandi đã quản lý các thị trấn này dưới danh nghĩa của khans Moghul cho đến năm 1514. Người Moghul trực tiếp cai trị Nam Giang sau khi họ mất chính Moghulistan. Thành phố thủ đô của Nam Giang thường là Yarkand hoặc Kashgar. Một thuật ngữ Trung Quốc đương đại cho một phần của khu vực Nam Giang là "tuyến đường phía nam Thiên Sơn" (tiếng Trung: 天山南路; bính âm: Tiānshān Nánlù), trái ngược với tuyến đường "phía Bắc", tức là Dzungaria.

Một từ Turki sau này "Altishahr", có nghĩa là "Sáu thành phố", trở nên thịnh hành trong thời cai trị của lãnh chúa Tajik thế kỷ 19 Yaqub Beg, là một thuật ngữ không chính xác cho một số thành phố ốc đảo của phương Tây, sau đó là Hồi giáo. Shoqan Walikhanov đặt tên cho chúng là Yarkand, Kashgar, Hotan, Aksu, Uch-Tufpan và Yangi Hisar; hai định nghĩa của Albert von Le Coq thay thế Bachu (Maralbishi) cho Uch-Turfan hoặc Yecheng (Karghalik) cho Aksu. Trong thời cai trị của Yaqub, Turfan thay thế cho Uch-Turfan và những người cung cấp thông tin khác xác định bảy, thay vì sáu thành phố trong "Alti-shahr". Biên giới của Alti-Shahr được xác định rõ hơn so với của Moghulistan, với Thiên Sơn đánh dấu ranh giới phía bắc, Pamir phía tây và Côn Luân ở phía nam. Biên giới phía đông thường hơi ở phía đông của Kucha.

Vương quốc Phật giáo ở Bắc Giang tập trung quanh Turfan là khu vực duy nhất mà người dân được xác định là "người Duy Ngô Nhĩ" sau các cuộc xâm lược của đạo Hồi. Khu vực Turfan rộng hơn được bao bọc bởi Nam Giang ở phía tây, Thiên Sơn ở phía bắc, Côn Luân ở phía nam và công quốc của Hami. Năm 1513, Hami trở thành vùng phụ thuộc của Turfan và duy trì như vậy cho đến khi chấm dứt sự cai trị của Moghul. Kết quả là, người Moghul trở thành hàng xóm trực tiếp của nhà Minh Trung Quốc. Mặc dù thuật ngữ "Uyghurstan" được sử dụng cho nhà nước thành phố Turfan, thuật ngữ này bị nhầm lẫn trong các nguồn của Hồi giáo với Cathay. Các hãn Uyghur đã tự nguyện trở thành chư hầu của người Mông Cổ dưới triều đại của Thành Cát Tư Hãn và kết quả là được phép giữ lại lãnh thổ của họ. Khi Đế quốc Mông Cổ bị chia tách vào giữa thế kỷ 13, khu vực Tân Cương được giao cho các Chagatayid. Sức mạnh của hãn Uyghur dần suy giảm dưới sự cai trị của Mông Cổ cho đến khi hãn được biết đến cuối cùng bị buộc phải chuyển đổi sang đạo Hồi vào những năm 1380 hoặc 90. Sau thế kỷ 15, nó dường như đã chịu sự cai trị trực tiếp của Moghul, và một hãn quốc Moghul riêng biệt được thành lập ở đó vào giữa thế kỷ 15.